En la web solo aparece recomendado en la categoría Audio - Música el secuenciador Ardour. Es cierto que es muy bueno, pero también incluiría en los recomendados:
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LMMS. (Creo que se ha mencionado en otro post). Es más limitado que Ardour, pero al mismo tiempo creo que es más accesible para según que forma de hacer música (rollo Cubase Vs. FLStudio, respectivamente).
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Audacity. No conozco programa para grabar y procesar sonido más completo que sea open source. A día de hoy se puede usar como secuenciador, aunque no es su fuerte.
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Sonic Visualiser. Un estupendo programa con muchos plugins disponibles para analizar visualmente archivos de audio.
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Musescore. Me parece un software fundamental para cualquiera que quiera escribir música y en la última versión están teniendo especial mimo en hacer que suene muy decente, con muestras de instrumentos pop/rock y orquestales bastante buenos para ser un software totalmente gratuito. No solo eso, han incluido efectos de audio también.
Pd: personalmente, el secuenciador que estoy usando es Reaper. No es open source, pero la sensación al usuario es casi como si lo fuera. Su filosofía de negocio me parece bastante justa y es muchísimo más cómodo que Ardour o LMMS en trabajo con grandes librerías de samples y MIDI.