En principio la cosa está clara, verdad? Funkwhale es para música/audio y Peertube es para video. Vale, pero la realidad es más compleja. La música puede ser servida sólo con audio o con video, y el video puede ser una megaproducción audiovisual o algo automática y resultón bien sencillo. De hecho (si no me equivoco) Peertube acepta subir archivos de audio. Funkwhale permite organizar temas musicales en álbumes y quizás tenga más funcionalidades interesantes para música que Peertube no tiene.
Me hago todas estas preguntas porque no sé si a la que empiece a publicar música es mejor que lo haga en una plataforma, en la otra, o en las dos.