Hola!
He vuelto a instalar de zero (versión 4.0.0, fresquita) pero usando la base de datos y storage antiguos. Seguía dando el mismo problema. Al final he eliminado los plugins y era lo que daba problemas. Alguna incompatibilidad, supongo. Se podrían volver a meter, pero yo no me pelearía más con ellos. Lo siento, @porru!
Algunos videos antiguos no se ven, pero los nuestros sí. Estaría bien ir mirando si los que se publican nuevos en otras instancias y seguimos des de aquí se ven bien.
Saludos!
EDIT: estos días acabaré de limpiar lo que he hecho, básicamente instalarlo todo en /var/www/video en paralelo a la instalación vieja en /var/www/peertube